Die Geschichte von Melidoni ist stark mit der Gerondospilios Höhle verbunden.

Ausgrabungen in der Höhle beweisen, dass der Ort von prähistorischen Menschen bewohnt war. Danach wurde er zum Heiligtum wo der "Riesige Wächter" von Kreta, Talos, verehrt wurde, wie die Inschrift am Eingang der Höhle Talaios Hermes belegt.

Der Platz rund um die Höhle wurde von Hirten bewohnt. 

Die Geschichte sagt, dass eines Tages ein Hirte eine seiner Ziegen suchte. Er fand sie schließlich an einer kleinen Quelle wieder an der sich heute der Dorfplatz befindet.

An der Stelle, wo das Wasser aus der Erde kam wurde ein Brunnen gebaut der die Bedürfnisse der Bewohner stillte,

heute als "Königlicher Brunnen" bekannt. Im Laufe der Jahre hatte jeder Hof sein Wasser.

Heute werden bis zu 103 Speicher gezählt.

Die Geographische Lage des Dorfes nahe des Meeres und die Nähe zur Stadt Rethimno hat die Entwicklung des Ortes geprägt.

Der Name Melidoni stammt von dem byzantinischen Nachnamen Melidonis, den es heute noch im unserem Dorf sowie auf ganz Kreta gibt.

 

In Melidoni lebten 195 Familien mit etwa 780 Menschen. Es gab 172 Häuser mit 359 Zimmern. 

In einem Haus lebten mehr als eine Familie, es gab einen Stauraum und Raum für die Tiere. 

Es gab auch eine hohe Wohnsteuer die anhand der Anzahl der äusseren und inneren Türen berechnet wurde.

 

Die Bewohner von Melidoni haben Oliven und Johannisbrotbäume angebaut, da sie für Menschen wie für Tiere Grundnahrungsmittel waren. 

Insgesamt gab es 689 Bäume in Melidoni, d.h. 3,5 Bäume pro Familie.  Das Grundeinkommen war der Weizen. 

Trotz der schwierigen Umstände entwickelte sich Melidoni zu einem der größten Dörfer von Mylopotamos.

Seinen Sitz hatte in Melidoni Bischof Avlopotamos Parthenius, Kenner der Astronomie und ein großer Maler.

 

Während der Revolution von 1821 wurde Melidoni würdevoll von den Brüdern Melidoni, Giorgis, Anthony und Elias vertreten.

Giorgis reiste in viele Länder, studierte Medizin und wurde zum Anhänger der Aufklärung. 

Er kaufte den Impfstoff gegen Pocken und brachte ihn als erstes nach Kreta.

Er brachte den Menschen bei wie sie sich gegenseitig impfen und sich vor den Pocken retten konnten, die damals auf der Insel gewütet haben. 

Er diente als Berater des ersten Gouverneurs von Kreta, Michael Komnenos Afentouli.

Anthonis kämpfte in- und außerhalb Kretas und war für seinen Mut und seine Entschlossenheit angesehen. 

Er wurde von Afentulis mit dem fünfhundertsten Grad gewürdigt, wurde aber leider im März des Jahres 1822 von seinem Kameraden Russo Vourdoumva Monastiraki Amari ermordet.

Elias kämpfte neben C Karaiskaki und wurde in der Schlacht von Faliro im Jahre 1827 getötet.

Die Schwäche der Türken, die Revolution von 1821 zu unterdrücken, zwang sie, die Hilfe von Muhammad Ali in Ägypten zu suchen, der als Gegenleistung den Anschluss Kretas an Ägypten erwartete.

Hasan Pascha betrat Kreta am 28. Mai 1822 in Souda und bewegte sich schnell Richtung Osten, nach Melidoni.

Die Zivilisten wurden in der Höhle eingeschlossen und überlebten.

Anfang Oktober 1823 erreichte die türkisch-ägyptische Armee Melidoni und marschierte mit dem neuen Führer Hussein Bey ein.

Die Bewohner von Melidoni, 370 Frauen, Kinder und 30 Krieger hatten sich wieder in die Höhle zurückgezogen.

Als Hussein das erfuhr, verlangte er von den Bewohnern sich zu ergeben und belagerte die Höhle.

Die Antwort der Menschen war: "Wir wählen lieber den Tod als uns unterzuordnen."

Die Blockade dauerte drei Monate mit gnadenlosen Überfällen, Angriffen und Tricks aber ohne Erfolg. 

Das Drama spitzte sich am 24. Januar 1824 zu. Hussein schloss den Eingang der Höhle mit verschiedenen Materialien (Stroh, Öl, Kerne, …). Im Feuer und Rauch fanden 400 der Bewohner den Tod.

Nach Tagen drangen sie in die Höhle ein und plünderten die Leichen.

Die hohe Teilnahme von Melidoni an den im 19. Jahrhundert folgenden Revolutionen in alle Teilen Kretas oder Griechenlands war unvergleichlich.

In Melidoni eröffnete im Jahre 1842 eine der ersten Schulen auf Initiative von Emm. Vivilaki.

Die Wahl von Melidoni als Sitz der Gemeinde sowie als Sitz der "Allgemeinen revolutionären Versammlung der Kreter" vom 13 bis 17 Oktober 1897, die die Unabhängigkeit von Kreta entschieden hat, war sicher kein Zufall.

Melidoni hat mit Hilfe seiner jungen Männer weiter an allen Kämpfen der Nation teilgenommen, die in den mazedonischen Kampf gezogen waren (daher der Spitzname "Macedonian", der immer noch im Dorf vorhanden ist).

Die Einwohner von Melidoni haben auch in Kleinasien und in der Schlacht um Kreta gekämpft, danach liessen sie sich in der National Resistance eintragen.

Viele Menschen aus  Melidoni sind literarisch erwähnt und in Kunst und Politik eingegangen.

Heute ist Melidoni ein lebendiges Dorf das zur Gemeinde Geropotamos gehört und historische Hauptstadt der Gemeinde ist.

Es wird heute unter den Siedlungen "mit dem höchsten Kulturerbe" aufgelistet.

Die Höhle spielt derzeit eine Schlüsselrolle im Leben des Dorfes, das wegen seiner Geschichte das Interesse vieler Besucher anzieht.