Присутствие Мелидони в поселке связано с его пещерой под названием Герондоспилиос.

Раскопки в пещере доказали, что она была населена доисторическими людьми, затем стала священным местом поклонения охранявшего Крит Гиганта Талоса, а далее, как свидетельствует надпись на входе в пещеру, здесь поклонялись Талейскому Гермесу.

Местность вокруг пещеры населяли пастухи. Традиция гласит, что однажды какой-то пастух потерял козу и нашел ее поящейся у источника, который вытекал из небольшой расщелины на том месте, где ныне располагается центральная площадь поселка.

Для обеспечения нужд поселка на месте источника был создан ныне именуемый «Царским» колодец. Со временем в каждом дворе появился семейный колодец. В результате этого сегодня в поселке сохранилось 103 древних колодца.

Расположение поселка у моря и вблизи города Ретимнона способствовало его развитию.

Название Мелидони происходит от византийской фамилии Мелидонис, которая и сегодня часто встречается не только в нашем поселке, но и по всему Криту.

В Мелидони проживало 195 семей и примерно 780 жителей. Здесь существовали 172 дома с 359 комнатами. В одном и том же доме проживало по несколько семей со своим скотом и существовали складские помещения. Налог на недвижимость был слишком высок и зависел от количества наружных и внутренних дверей дома.

Жители поселка Мелидони культивировали оливковые и рожковые деревья, поскольку они являлись основной пищей для людей и животных. В целом в Мелидони существовало 689 деревьев, то есть по 3,5 дерева на каждую семью. Основную же прибыль жители получали от культивации пшеницы.

Несмотря на неблагоприятные обстоятельства Мелидони превратился в один из крупнейших поселков района Милопотамос. В Мелидони же владел собственными деревьями и епископ района Авлопотамос Парфений, знаток Астрономии и талантливый художник.

В период революции 1821 года Мелидони достойно представили братья Мелидонисы: Гиоргис, Антонис и Илияс.

Гиоргис посетил множество стран, учился медицине и стал приверженцем просвещения. Возвратившись на родину он закупил прививки от оспы и первым завез их на Крит. Гиоргис научил Критян самостоятельно делать себе прививки и спасаться от опустошавшей в то время остров оспы. Также, он служил советником первого командующего Крита Комниноса Афендулиса.

Антонис воевал на Крите и за его пределами и отличился своей храбростью и решимостью. Афендулис наградил его степенью пятисотника, но, к сожалению, Антонис был убит своим товарищем по оружию Русосом Вурдумбасом в местности Монастираки Амариу 2-3-1822 г.

Илияс воевал рядом с Γ. Караискакисом и пал в бою при Фалиро в 1827 году.

Неспособность Турок подавить революцию 1821 года заставила их просить помощи у Мехмеда Али Египетского, который согласился предоставить поддержку в надежде присоединить Крит к Египту.

Хасан Паша сошел в порту г.Суда 28 Мая 1822 года и молниеносно направился на восток, добравшись до Мелидони. Мирное население успело укрыться в пещере и спастись. В начале Октября 1823 года в Мелидони прибывает и разбивает лагерь турецко-египетская армия под новым главнокомандующим Хусеином Беем. И снова Мелидонийцы (370 женщин, детей и 30 воинов) баррикадируются в пещере. Об этом узнает Хусеин и осаждает пещеру с требованием, чтобы Мелидонийцы сдались. Из пещеры следует ответ: «Не подчинение, а смерть». Блокада продлилась три месяца, на протяжении которых происходили беспощадные рейды, атаки и безрезультатные маневры. Драма осажденных достигает кульминации 24/1/1824 г. Хусеин блокирует вход в пещеру фумигантными материалами (соломой, маслом, ядрами...), поджигает их и в этом дыме погибают ужасной смертью 400 блокадников. Несколько дней спустя солдаты вошли в пещеру и надругались над трупами.

Вклад Мелидони в последующие революции, происходившие на протяжении всего 19го века, не менее существен, чем борьба за свободу на остальной территории Крита или Греции.

В 1842 году в Мелидони стала функционировать одна из первых школ, организованная по инициативе Эммануила Вивлакиса.

Также, безусловно не случайным являлся выбор Мелидони в качестве штаб-квартиры Мэрии и штаб-квартиры «Общего Революционного Собрания Критян» с 13 по 17 Октября 1897 года, где было принято решение об автономии Крита.

Мелидони продолжал вносить свой вклад во всю борьбу Нации, поставляя своих сынов движению Македонской борьбы за независимость (отсюда и прозвище «Македонец», которым все еще называют жителей поселка).

Также, Мелидонийцы воевали в Μ. Азии, участвовали в Критской Битве, а потом присоединились к Национальному Движению Сопротивления.

И еще многие Мелидонийцы отличились в письменности, искусстве, а также в политике.

Сегодня Мелидони – это живой поселок на территории Муниципалитета Геропотамос, являющийся Исторической Столицей данного района. Мелидони входит в список поселков «важнейшего культурного наследия».

В наши дни пещера играет ведущую роль в жизни поселка, поскольку благодаря своей истории и спилеологическому интересу является полюсом притяжения множества посетителей.